Enfeksiyöz ajan ile karsilasma her zaman enfeksiyonla sonuçlanmamakla birlikte hastaliga yol açtiginda da kontrol altina alinamazsa ölümle sonuçlanabilmektedir. Mikroorganizmalarla karsilasma ile klinik hastaligin ortaya çikmasina kadar geçen asamalar konagin ve çevrenin kontrolu altindadir. Bunlardan konak faktörleri genetik (enfeksiyonlara karsi immünitede rol alan genlerdeki mutasyonlar) veya non genetik (cilt lezyonlari gibi) olabilir. Immun sistem disinda bir çok faktör mikroorganizmalar için bariyer olusturur ve enfeksiyon olusup olusmamasina veya seyrine katkida bulunabilir. Çesitli sekresyonlardaki lizozim, solunum sistemindeki mukus ve silia, cildin fizik bariyer olarak koruyucu etkisi, commensals (mikroflora) bunlar arasindadir ve bu faktörlerdeki defektler de enfeksiyonlara yatkinlik yaratir. Böylece immün yetmezlikler disinda , kistik fibrozis, silier disgenezi gibi hastaliklarda tekrarlayan pulmoner enfeksiyonlar görülür. Gastro özefagal reflü hem enfeksiyonu taklit eden semptom ve bulgulara hem de tekrarlayan pulmoner enfeksiyonlara yol açabilir. Tekrarlayan enfeksiyon ayni bölgede ise lokal faktörler (yabanci cisim aspirasyonu gibi) de arastirilmalidir. Sik ates yükselmesi sikayeti ile gelen hastada rekürren, periodik atesle > seyreden otoinflamatuvar sendromlar da düsünülmelidir. Eger pulmoner enfeksiyonu düsündüren tekrarlayan semptomlar enfeksiyonun tek belirtisi olarak ortaya çikiyorsa B.astma da akla gelmelidir. Enfeksiyöz ajanin tipi hangi immün sistem komponentinin tutulmus olabilecegi hakkinda bilgi verebilir. Hücre disi mikroorganizmalarla enfeksiyonlar B hücre, fagositer sistem ve kompleman sistemi hastaliklarinda, fungal enfeksyonlar T hücre ve fagositer sistem hastaliklarinda, virüslerle ciddi ve agir enfeksiyonlar baslica T hücre yetmezliklerinde ayrica AR-HIES (hiper-IgE sendromu), ve STAT-1 eksikliginde bulunabilir. Bilinen klasik immün yetmezliklerde çesitli mikroorganizmalarla tekrarlayan enfeksiyonlar bulunur ancak bir mikroorganizma ailesine veya spesifik bir mikroorganizmaya ait tekrarlayan , komplikasyonlu veya beklenenden farkli seyir gösteren enfeksiyonlari olan hastalar da mevcuttur. Klasik immün yetmezliklerden birisi bulunmaksizin olagan disi agir viral enfeksiyonlar, yaygin kronik warts, molluscum contagiosum, mikobakteri, salmonella enfeksiyonlari olan hastalar bildirilmistir. Daha önce idiopatik olarak adlandirilan ve yalnizca muayyen mikroorganizmalarla ortaya çikan bu enfeksiyonlarin moleküler temelleri saptanmaya baslanmistir Bu hastalarda standard (rutin) immünolojik degerlendirme sonuçlari (Beyaz küre ve lenfosit sayilari, serum immünglobulin düzeyleri, lenfosit alt gruplari, lenfosit proliferasyon cevabi, NBT, kompleman komponentleri) normaldir . Bu hastaliklara örnek olarak Epidermodysplasia verruciformis (Papilloma virus (PV) a hassasiyet mevcuttur), MASP2 (mannan binding lectin associated serin proteaz) eksikligi (pnömokok enfeksiyonlarina hassasiyetle birliktedir ancak primer B hücre defektleri, kompleman eksiklikleri, aspleni de pnömokok enfeksiyonlarina hassasiyete yol açar), X-linked lenfoproliferatif hastalik ( EBV ye hassasiyetle birliktedir), ve MSMD-mikobakteriyel hastaliklara mendelian hassasiyet- (mikobakteri ve salmonella enfeksiyonlarina hassasiyet mevcuttur) verilebilir. Bugüne kadar bilinen, iyi tarif edilmis primer immün yetmezlik hastaliklari genellikle seyrek görülen hastaliklardir ancak tani erken konuldugunda birçogunda tedavi mümkün oldugundan erken tani çok önemlidir. Ayrica, yalnizca spesifik mikroorganizmalarla enfeksiyonlara yatkinligi olan hastalarin saptanmasi, yeni defektlerin tanimlanmasini, spesifik mikroorganizmalarla ilgili non-redundant (yeri doldurulamayan) immün mekanizma ve moleküllerin ortaya çikarilmasini sagladigindan önemlidir.